Durante a década de 60 e 70, as capivaras sofreram com a caça comercialmente no Pantanal, pois estavam atrás de sua pele e o óleo de sua pele o qual era considerado conter propriedade medicinais.
Estudos revelam que hoje pode haver 400 mil capivaras em todo o Pantanal, devido a caça.
Atualmente as capivaras são alvos de caça não só no Pantanal, mas também na área urbana de São Paulo, como nas margens do rio Pinheiros.
O Projeto Pomar, cuida da revitalização da margem do rio, onde há cerca de 80 a 100 capivaras. Foram achados armadilhas feitas com arame, pelos funcionários do projeto. Relata o biólogo do projeto, Alexandre Soares, o seguinte “os caçadores colocam laços metálicos no caminho das capivaras para prendê-las. Como elas são fortes, às vezes conseguem romper o laço, mas ficam com ferimentos e podem se infectar com a água do rio.” E muitos deste que se infeccionam, acabam morrendo.