O acervo inicial era composto pela coleção particular Sartori, adquirida para nuclear a instituição, pelo governo do estado. O primeiro diretor do Museu foi, Hermann Von Ihering, o qual além de Etnográfico, ocupava várias especialidade zoológicas, e também toda as pesquisas da casa concentrava-se em suas mãos.
Museu Zoologia
A sua administração foi bastante longa, na qual ocorreu apenas alguns subalternos, com funções de curadoria, conseguindo ter atividade de pesquisa pessoal como: João Leonardo de Lima (morcegos) e Hermann Luederwaldt (coléoperos).
O museu possuía um excelente viajante naturalista, permanente no campo, Ernesto Garbe, que acumulava coleções diversas de várias partes do Brasil, como o Rio Juruá e outras. As coleções eram estudadas por especialistas de fora.
